Berikutan penjajahan Portugis di atas Kesultanan Melaka pada tahun 1511, kerajaan Portugal di bawah dasar yang digubal oleh Alfonso de Albuquerque menggalakkan penjelajah Portugis membawa wanita India yang dikahwini mereka ke Melaka. Wanita tersebut dibaptiskan ke dalam Gereja Katolik Roma (RCC). Alfonso kemudiannya dilantik menjadi Wizurai atau Pemangku Raja Portugal di India.
Pendudukan Portugis di Melaka membawa kepada kemasukan orang Goa atau Konkani yang menganuti agama Kristian mazhab Katolik Roma dan orang Hindia Timur Bombay yang kebanyakannya berketurunan Marathi dan beragama Kristian Katolik di Melaka. Suku kaum Kupari atau orang Portugis yang berketurunan Brahmin Samaveda dan Goa turut tiba di Melaka. Anak cucu mereka kemudian berkahwin dan bersemenda dengan suku kaum Melayu di Melaka lalu kehilangan identiti etnik mereka. Mereka bertutur dalam bahasa Portugis Kreol yang mengikut tatabahasa bahasa Melayu.
Seterusnya, status Penang, Melaka dan Singapura sebagai British Straits Settlements atau Negeri Selat yang menjadi penempatan empayar British dari tahun 1786 sehingga ke tahun 1824 memulakan kemasukan gelombang kedua warganegara British India sebagai buruh di rantau Semenanjung Tanah Melayu. Orang India yang masuk ke Semenanjung Tanah Melayu pada ketika itu terdiri daripada golongan pedagang, mata-mata gelap atau polis, buruh di ladang getah dan sipahi atau tentera yang berkhidmat dengan empayar British. Selain daripada itu, terdapat juga penghijrahan warganegara British India ke Semenanjung Tanah Melayu untuk bekerja dengan kerajaan penjajah British di British Malaya kerana kemampuan mereka dalam pertuturan dan penulisan bahasa Inggeris yang berguna untuk urusan pentadbiran.
Pembukaan ladang-ladang di British Malaya memerlukan tenaga buruh yang ramai. Hal ini menyebabkan kemasukan warganegara British India ke British Malaya melalui Sistem Kangani pada abad ke-19 dan awal abad ke-20 masihi. Sesetengah daripada warganegara British Malaya turut membayar untuk dibawa masuk ke Malaya walaupun selepas Sistem Kangani berakhir pada awal abad ke-20 masihi.
Sebanyak 80% daripada pekerja migran India pada ketika itu terdiri daripada etnik Tamil dengan sedikit etnik Telugu, Malayali, Bengali dari India Timur dan Punjabi dari India Barat. Kelompok pekerja migran Tamil berasal dari negeri Tamil Nadu ini berbeza pula daripada kelompok India urban yang berpendidikan yang terdiri daripada suku kaum Tamil, Telugu, Malayali, Punjabi dan Bengali. Suku kaum Gujarati, Sindhi dan Marwari pula tiba sebagai bangsa "India penumpang" sama seperti yang lain-lain di tanah jajahan British. Golongan India urban ini boleh jadi beragama Hindu, Kristian, Sikh atau Islam. Penganut agama Sikh selalunya bekerja sebagai mata-mata gelap atau polis manakala suku kaum India Utara lain terlibat dalam perniagaan. Suku kaum Malayali, Ceylon, dan Tamil Kristian kebanyakannya terlibat dalam pentadbiran kerajaan dan kerja kolar putih. Suku kaum Chettiar pula terlibat dalam perniagaan pinjaman wang atau kewangan, manakala golongan Vellalar dan Tamil Muslim terlibat dalam pelbagai jenis perniagaan.
Populasi India pra-kemerdekaan Malaya dan Singapura didominasi oleh lelaki dewasa yang bujang atau yang berkeluarga di India serta Sri Lanka. Oleh itu, populasi warga India di Malaya mula jatuh antara zaman penghijrahan ke Malaya dan zaman mereka keluar kembali ke negara India. Seawal tahun 1901, populasi orang India di Negeri Selat dan Negeri Melayu Bersekutu di British Malaya berjumlah kira-kira 120,000 orang. Menjelang tahun 1931, seramai 640,000 orang India tinggal di Malaya dan Singapura. Orang India melebihi jumlah penduduk asal berbangsa Melayu di negeri Selangor pada tahun itu.
Walau bagaimanapun, semasa Perang Dunia II, ramai lelaki India dan wanita India keluar ke Burma mengikut kempen Tentera Kebangsaan India dengan beribu-ribu orang daripada mereka dikhuatiri mati. Akibatnya, populasi orang India pada tahun 1957 hanya meningkat kepada 820,000 orang sahaja. Walaupun penghijrahan adalah faktor utama bagi peningkatan populasi sehingga kemerdekaan, namun peningkatan populasi ini mula jatuh selepas golongan kolar putih dalam pentadbiran awam British dan ladang keluar dari Malaya apabila British meninggalkan institusi dan syarikat yang di Malaya. Sejak itu juga, kadar kelahiran yang rendah dan migrasi orang India ke negara lain seperti Singapura, Australia dan United Kingdom bagi mendapatkan peluang pendidikan serta ekonomi yang lebih baik menyebabkan populasi orang India di Malaysia semakin menurun. Sehingga hari ini, populasi orang India Malaysia adalah kira-kira tujuh peratus sahaja daripada jumlah keseluruhan populasi Malaysia yang berjumlah dua juta orang dan sembilan peratus sahaja daripada populasi warganegara Singapura yang seramai 450,000 orang.
